三重県精神障害者家族会連合会は、昭和４３年８月に県立高茶屋病院（現：県立こころの医療センター）の患者家族が中心となり、発足しました。設立当初の時代は、「精神病患者は鍵の付いた部屋で隔離すべき」という偏見が根強く、精神障がい者・家族は孤立し、それぞれが涙をこらえて耐えしのぶ年月が長く続きました。
その後、昭和６２年に精神衛生法が改正され精神保健法となり、精神障がい者の社会復帰施設が認可されるようになりました。
そうした経緯をへて、障害者自立支援法が施行される平成１８年４月に、ＮＰＯ法人を取得し、名称を「特定非営利活動法人三重県精神保健福祉会」と改めました。また「さんかれん」の通称は、家族の間に根付いていることから、引き続き使用していくこととなりました。
さんかれん事務局は、平成１９年４月から現在の三重県津庁舎２階（三重県こころの健康センター内）に移転し、現在の活動拠点になっています。